本系每年招收碩士班新生19人，研究領域整合為「食品生物資源利用」、「加工技術開發研究」、「檢驗技術研究與應用」、「奈米食品科技研發」四大群，主要針對食品微生物之菌種鑑定、改良及生物資源與產程技術開發利用，保健食品及新興加工、包裝技術研究」和機能性食品生理活性檢測及新檢驗技術之開發研究等方向進行相關研究。研究發展以結合地區特色、發展技術平台為導向，積極與地區產學研相關單位合作。